一年前、宇宙人の一団を乗せた宇宙船が東京湾に漂着した。帰る術を持たない彼らは正式に日本の市民権を得て、「親愛なる友達」という意味を込め“DearS（ディアーズ）”という通称を与えられる。

ディアーズが日本の言葉や習慣を学ぶため、一般家庭・教育機間へのホームステイ制度も定着していたある日、高校生の幾原武哉（いくはらたけや）は毛布に1枚くるまっただけのディアーズの少女と出会う。空腹で行き倒れた少女を仕方なくアパートに連れ帰った武哉は少女に「レン」という名前をつける。

偶然にもディアーズの少女と一夜を共にすることになり困惑する武哉だが、もともとずば抜けた知能を持ち、言語取得能力も目覚ましいディアーズであるレンは、武哉の幼馴染みでアパートの大家の娘である寧々子（ねねこ）の協力もあり、一晩で言葉を覚える。が、言葉を理解したレンは武哉を「ご主人様」と呼び部屋に居候を始めてしまう。
そして、あろうことか小春高校への留学生と間違われてしまうことに。そこへディアーズの正規留学生ミゥが現れて……。