西暦2100年。
宇宙に進出した人類は、月面に都市を建設し、更なる外宇宙進出を計画していた。人類の「もっと広い世界へ」という欲望 はとどまるところがないように見えた。勿論、そこには様々な試練があったが、人類を大きく阻む存在はなかった。
―「それ」が現われるまでは。

天箕（あまみ）博士は彼の研究チームと共に原子衝突実験を行っていた。突如、実験装置から眩い二つの光が放たれる。光は見学をしていた博士の娘、クラウ（12歳）にぶつかり、彼女の体を分解させてしまう。驚く天箕博士の眼前で、光は人間の姿をかたちづくり、クラウは甦った。
博士は実験を中断し、娘クラウの無事を確かめようとする。クラウは幼い娘の姿、声のままで「私はリナクス」と言った。リナクスに対し娘を返してくれと言う博士だったが、クラウに宿ったリナクスは、その方法がわからないと言う。
「それにこの体には、もうひとつのリナクスがいる。私はそれを、守らなければならない」
もうひとつのリナクス。それを「対」とよんだ。

――それから10年。エージェントとして日々を送るクラウだったが、ある日クラウの中から一人の少女「クリスマス」が現れる。そして、リナクスをめぐるドラマが幕を開ける・・・。

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