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収録内容
1 | 第1章 NGS解析~バリアント検出(研究目的に応じたデータ取得―WGSかWESか?必要なデータ量は? |
2 | データ解析環境に関する基礎知識―ラップトップかスパコンか? |
3 | 全ゲノムシークエンシングのバリアントコール―トリオ家系のゲノム解析 |
4 | 構造多型の検出―smooveを用いたSVコール |
5 | コピー数バリアントの検出―GATK-gCNVを用いたCNVコール) |
6 | 第2章 一次処理~アノテーション(bcftoolsを用いたVCFの整形 |
7 | SnpEffとSnpSiftによるVCFのアノテーションと操作 |
8 | vcfannoによるVCFのアノテーションと操作) |
9 | 第3章 AI等を活用した原因/リスク遺伝子同定(slivarによる希少難病家系のVCF分析 |
10 | Exomiserによる希少難病家系のVCF分析 |
11 | 症例対照研究におけるレアバリアント関連解析 |
12 | STAARpipelineによる多因子遺伝疾患のレアバリアント関連解析) |
13 | 第4章 原因/リスク遺伝子同定後の解析(希少疾患の原因遺伝子同定に向けた大規模データの利用 |
14 | PRS/PGS計算 |
15 | 絶対リスク計算 |
16 | メンデル無作為化による因果推論 |
17 | タンパク質立体構造を用いたバリアントの臨床的意義の検討) |
18 | 第5章 全ゲノム解析時代を支える基盤技術(半導体技術による次世代シークエンシングの高速化 |
19 | 量子時代におけるゲノム解析データのセキュアな活用 |
20 | スーパーコンピューター富岳での大規模計算―スーパーコンピューター富岳へプログラムを移植するにあたって) |