本/雑誌

全ゲノム・エクソーム遺伝統計解析 Python,Rで実践して身につく,未知の遺伝要因の探索と疾患リスク予測

田宮元/編

7920円
ポイント 1% (79p)
発売日 2023年09月上旬発売
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仕様

商品番号NEOBK-2896224
JAN/ISBN 9784758122665
メディア 本/雑誌
販売羊土社
ページ数 267

著者・出版社・関連アーティスト

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    収録内容

    1 第1章 NGS解析~バリアント検出(研究目的に応じたデータ取得―WGSかWESか?必要なデータ量は?
    2 データ解析環境に関する基礎知識―ラップトップかスパコンか?
    3 全ゲノムシークエンシングのバリアントコール―トリオ家系のゲノム解析
    4 構造多型の検出―smooveを用いたSVコール
    5 コピー数バリアントの検出―GATK-gCNVを用いたCNVコール)
    6 第2章 一次処理~アノテーション(bcftoolsを用いたVCFの整形
    7 SnpEffとSnpSiftによるVCFのアノテーションと操作
    8 vcfannoによるVCFのアノテーションと操作)
    9 第3章 AI等を活用した原因/リスク遺伝子同定(slivarによる希少難病家系のVCF分析
    10 Exomiserによる希少難病家系のVCF分析
    11 症例対照研究におけるレアバリアント関連解析
    12 STAARpipelineによる多因子遺伝疾患のレアバリアント関連解析)
    13 第4章 原因/リスク遺伝子同定後の解析(希少疾患の原因遺伝子同定に向けた大規模データの利用
    14 PRS/PGS計算
    15 絶対リスク計算
    16 メンデル無作為化による因果推論
    17 タンパク質立体構造を用いたバリアントの臨床的意義の検討)
    18 第5章 全ゲノム解析時代を支える基盤技術(半導体技術による次世代シークエンシングの高速化
    19 量子時代におけるゲノム解析データのセキュアな活用
    20 スーパーコンピューター富岳での大規模計算―スーパーコンピューター富岳へプログラムを移植するにあたって)

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